atomsk(강력한 원자 구조 생성 및 변환 도구)

ATOMSK

소개

Atomsk는 재료 과학 연구에서 원자 구조를 생성하고, 변환하는 데 사용되는 강력하고 사용하기 쉬운 커맨드 라인 도구입니다. 이 소프트웨어는 복잡한 결정 구조, 결함, 나노 입자 등을 모델링하기 위한 효율적인 방법을 제공하며, 고체 물리학, 나노기술, 지질학 등 다양한 분야에서 사용됩니다. Atomsk의 유연성과 다양한 기능은 연구자들이 실험적 연구를 보완하고, 새로운 물질의 특성을 탐색하는 데 필수적인 도구로 만들어줍니다.

주요 특징

다양한 구조 생성

Atomsk는 간단한 명령어로 FCC, BCC, HCP 등 다양한 결정 구조를 생성할 수 있습니다. 또한, 사용자는 고유한 구조를 정의하거나 기존 파일에서 구조를 불러올 수 있습니다.

결함과 표면 모델링

이 도구를 사용하여 진공 층, 곡면, 입계, 스택 결함 등의 결함을 포함한 복잡한 원자 구조를 쉽게 생성할 수 있습니다. 이는 재료의 기계적, 전기적, 광학적 성질에 영향을 미치는 중요한 요소를 연구하는 데 유용합니다.

파일 형식 변환

Atomsk는 30개 이상의 다양한 파일 형식을 지원하여, 다른 시뮬레이션 프로그램과의 호환성을 제공합니다. 이 기능은 연구자가 다양한 시뮬레이션 도구와 워크플로우를 유연하게 사용할 수 있게 해줍니다.

시뮬레이션 준비

분자 동역학 시뮬레이션, 전자 구조 계산, 고체 역학 시뮬레이션 등을 위한 초기 구조를 준비하는 데 사용됩니다. Atomsk는 시뮬레이션 파라미터를 조정하고, 필요한 출력 파일을 생성하는 강력한 도구입니다.

사용 사례

Atomsk는 나노 입자의 형성, 합금에서의 상 분리, 결정 내 결함의 영향 등을 연구하는 데 사용됩니다. 또한, 재료의 기계적 특성, 열전도율, 자기적 성질 등을 시뮬레이션하기 위한 기초 데이터를 제공합니다.

실습

https://estar987.tistory.com/entry/Openblas%EA%B3%A0%EC%84%B1%EB%8A%A5-%EC%88%98%ED%95%99-%EB%9D%BC%EC%9D%B4%EB%B8%8C%EB%9F%AC%EB%A6%AC%EC%9D%98-%ED%95%B5%EC%8B%AC-%EC%84%A4%EC%B9%98

 

이전에 포스팅한 Openblas 과정도 포함되어 있습니다.

Openblas(lapack + blas)

# wget <https://github.com/xianyi/OpenBLAS/releases/download/v0.3.21/OpenBLAS-0.3.21.tar.gz>
# tar zxvf OpenBLAS-0.3.21.tar.gz -C /APP/enhpc/
# cd OpenBLAS-0.3.21
# make FC=gfortran CC=gcc
# make PREFIX=/APP/enhpc/atomsk/openblas install

atomsk

# git clone <https://github.com/pierrehirel/atomsk/>
# cd atomsk/src/
# sed -i -e 's@-llapack@-L/APP/enhpc/atomsk/openblas/lib -lopenblas@g' -e 's@/usr/local@/APP/enhpc/atomsk@g' Makefile
# mkdir -p /APP/enhpc/atomsk/bin
# make atomsk
# make install
# cd ..
# sh install.sh

환경 구성

modulefile

# vi /APP/enhpc/modulefiles/atomsk

# atomsk git master 2023

set ATOMSK_ROOT /APP/enhpc/atomsk

prepend-path     PATH               $ATOMSK_ROOT/bin
prepend-path     LD_LIBRARY_PATH    $ATOMSK_ROOT/openblas/lib

profile

echo -e '#!/bin/sh\\nexport PATH=$PATH:/APP/enhpc/atomsk/bin\\nexport LD_LIBRARY_PATH=/APP/enhpc/atomsk/openblas/lib:$LD_LIBRARY_PATH' > /etc/profile.d/atomsk.sh

실행테스트

# su - user
# atomsk